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[文章]

单细胞转录组测序文献摘要

RNA专题


中文题目:人和小鼠皮层中具有不同特征的保守细胞类型

英文题目:Conserved cell types with divergent features in human versus mouse cortex

  Nature      发表时间:201909     IF43.07

DOI10.1038/s41586-019-1506-7

单位Allen Institute for Brain Science

 

摘要阐明人类大脑皮层的细胞结构对于理解我们的认知能力和对疾病的易感性至关重要。在这里,作者使用单核RNA测序分析对人类大脑皮层颞中回(middle temporal gyrus)的细胞类型进行了全面的研究。作者确定了高度多样化的兴奋性和抑制性神经元类型,这些类型大多数是稀疏的,尤其是兴奋性类型的层数限制比预期的要少。与类似的小鼠皮质单细胞RNA测序数据集的比较揭示了一种令人惊讶的高度保守的细胞结构,这种结构能够匹配同源类型、预测人类细胞类型的特性。尽管存在这种普遍的保守性,作者也发现了对应的人和小鼠细胞类型之间存在广泛差异,包括显著的比例变化、层流分布、基因表达和形态。这些物种特有的特征强调了直接研究人脑的重要性。

 

中文题目:局部更新常驻滑膜巨噬细胞为关节提供保护屏障

英文题目:Locally renewing resident synovial macrophages provide a protective barrier for the joint

期刊:Nature    发表时间:201908   IF43.07

DOI:10.1038/s41586-019-1471-1

单位Friedrich-Alexander University Erlangen-Nürnberg (FAU)

 

摘要巨噬细胞被认为是类风湿关节炎等慢性炎症性疾病的诱因。然而,巨噬细胞在炎症性关节疾病中的确切起源和作用仍不清楚。在这里,作者使用命运映射方法结合三维光片荧光显微镜技术和单细胞RNA测序对健康和炎症关节内巨噬细胞亚群的组成、起源和分化进行了全面的时空分析,并研究了这些巨噬细胞在关节炎的角色。本研究发现由不同的CX3CR1+驻留性组织型巨噬细胞组成的动态膜样结构在滑膜衬里形成了一个内部免疫屏障,并在物理上隔离关节。这些形成屏障的巨噬细胞表现出上皮细胞特有的特征,并通过嵌入滑膜组织的局部增殖的CX3CR1−单核细胞库维持其数量。与积极参与关节炎症的单核细胞来源的巨噬细胞不同,这些上皮样CX3CR1+滑膜衬里层巨噬细胞通过为关节内结构提供紧密连接介导的屏障来限制炎症反应。作者的研究数据揭示了滑膜巨噬细胞间意想不到的功能多样化,并对巨噬细胞在健康和疾病中的一般作用具有重要意义。

 

中文题目:PD-1阻断后肿瘤特异性T细胞的克隆替换

英文题目:Clonal replacement of tumor-specific T cells following PD-1 blockade

期刊:Nature Medicine   发表时间:201907   IF30.641

DOI10.1038/s41591-019-0522-3

单位Stanford University School of Medicine

 

摘要阻断T细胞上抑制性检查点受体的免疫疗法已经改变了癌症患者的临床护理。然而,T细胞对检查点阻断的反应是否依赖于先前存在的肿瘤浸润淋巴细胞的再激活或新T细胞的募集仍不清楚。在这里,作者对来自抗PD-1治疗前后基底或鳞状细胞癌患者的位点匹配肿瘤的79,046个细胞进行了成对的单细胞RNATCR测序(single-cell RNA and T cell receptor sequencing)。追踪T细胞受体克隆和转录表型发现肿瘤识别、克隆性扩增和T细胞功能障碍的偶联,以CD8+CD39+T细胞克隆性扩增为标志,它们共同表达慢性T细胞活化和衰竭的标志物。然而,T细胞克隆的扩增并不是来自于先前已存在的肿瘤浸润性T淋巴细胞;相反,扩增的克隆由以前未在同一肿瘤中观察到的新的克隆类型组成。在CD8+T细胞衰竭的患者中优先观察到T细胞的克隆替换,并且在患有基底或鳞状细胞癌的患者中较明显。这些结果表明,先前存在的肿瘤特异性T细胞可能具有有限的再生能力,并且T细胞对检查点阻断的反应来自可能刚刚进入肿瘤不久的一系列不同的T细胞克隆库。

 

中文题目:单细胞分析揭示平滑肌细胞表型调节和TCF21疾病基因的动脉粥样硬化保护作用

英文题目:Atheroprotective roles of smooth muscle cell phenotypic modulation and the TCF21 disease gene as revealed by single-cell analysis

期刊:Nature Medicine   发表时间:201908   IF30.641

DOI10.1038/s41591-019-0512-5

单位Stanford University School of Medicine

 

摘要在各种刺激下,血管平滑肌细胞(SMCs)可以去分化、增殖和迁移,这一过程被称为表型转化。然而,在动脉粥样硬化过程中SMC的体内表型转化以及这一过程对冠状动脉疾病(CAD)风险的影响尚未明确。研究人员利用单细胞RNA测序全面表征了小鼠和人动脉粥样硬化病变中SMC体内表型转化的转录组,发现这些细胞转化为独特的成纤维细胞样细胞,称为“fibromyocyte”,而不是经典的巨噬细胞表型。SMC特异性敲除TCF21(一种导致CAD基因)可显著抑制小鼠SMC表型转化,从而导致病变内以及病变的保护性纤维帽内的fibromyocyte减少。此外,TCF21的表达与病变冠状动脉的SMC表型转化密切相关,并且TCF21的较高水平表达与人类CAD相关组织中CAD风险的降低相关。这些结果确立了TCF21SMC表型转化在该疾病中的保护作用。

 

中文题目:代谢物特异性T细胞谱系决定的分子机制

英文题目Molecular mechanisms of lineage decisions in metabolite-specific T cells

期刊:Nature Immunology       发表时间:201909       IF23.53

DOI: 10.1038/s41590-019-0465-3

单位PSL University, Institut Curie

 

摘要膜相关不变T细胞(MAIT细胞)识别由MHC Ib类分子MR1呈递的微生物代谢物5-(2-oxopropylideneamino)-6-D-ribitylaminouracil(5-OP-RU)MAIT细胞在胸腺发育过程中获得效应器功能,但尚不清楚其所涉及的机制。在这里,作者使用单细胞RNA测序来表征5-OP-RU特异性胸腺细胞的发育路径。除了在骨髓来源的造血细胞上选择的已知MAIT1MAIT17效应亚群之外,作者还鉴定了在胸腺上皮细胞上选择并分化为CD44-初始T细胞的5-OP-RU特异性胸腺细胞。MAIT细胞阳性选择需要通过衔接蛋白SAP发出信号,而SAP控制转录因子ZBTB16的表达。单个细胞的伪时间排序分析揭示了选择在胸腺上皮细胞或造血细胞上的5-OP-RU特异性胸腺细胞的转录轨迹,得到的模型说明了T细胞的谱系决定。

Hello ATCG 2019-11-13 13:30:26

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