中文题目：在山羊体内着床前发育转化过程中，通过RNA测序分析鉴定lncRNAs

英文题目：Identification of lncRNAs by RNA Sequencing Analysis During in Vivo Pre-Implantation Developmental Transformation in the Goat

期刊：Front Genet   发表时间：2019 Oct   IF：3.517   

DOI: 10.3389/fgene.2019.01040. eCollection 2019

单位：College of Animal Science and Technology, Anhui Agricultural University

摘要：着床前发育是一个动态、复杂、精确调控的过程，对哺乳动物的发育至关重要。目前还没有关于lncRNAs对山羊着床前阶段的作用的描述。本研究通过RNA-Seq，分析了山羊7个发育阶段的卵母细胞(n= 3)和着床前(n=19)的体内转录组。主要合子基因激活(ZGA)发生在着床前的8- 16个细胞阶段。我们在主要和次要ZGAs的发育阶段比较和功能分析中，鉴定了5160个差异表达的lncRNA (DELs)。加权基因共表达网络分析(WGCNA)发现14个lncRNAs模块对应于特定的着床前发育阶段。对lncRNA在各个高相关模块发育过渡阶段的情况进行了综合分析。我们还鉴定了各阶段高相关模块的lncRNA-mRNA网络和hub-lncRNAs。lncRNA靶基因与其他胚胎基因的广泛联系提示lncRNA在胚胎发育中具有重要的调控作用。这些数据将有助于进一步探索lncRNA在着床前发育转化中的作用。

中文题目：成熟斑马鱼大脑中基于性别差异表达的mRNA和lncRNA的转录组分析

英文题目：Transcriptome profiling analysis of sex-based differentially expressed mRNAs and lncRNAs in the brains of mature zebrafish (Danio rerio)

期刊：BMC Genomics   发表时间：2019 Nov IF：3.501

DOI: 10.1186/s12864-019-6197-9

单位：Key Laboratory of Exploration and Utilization of Aquatic Genetic Resources , Shanghai Ocean University

摘要：与人类相似，斑马鱼的大脑在调节有性生殖、成熟和性行为方面起着核心作用。然而，对雄性和雌性斑马鱼的大脑基因表达的双态模式缺乏系统性研究。

本研究通过RNA-seq，从3只雄性斑马鱼和3只雌性斑马鱼的脑组织样本中获得mRNA和lncRNA的表达量。我们共鉴定了108个mRNA和50个lncRNA的差异表达与性别相关。我们随机选择了4个差异表达的基因进行RT-qPCR验证。结果表明RNA-seq的表达模式与RT-qPCR结果具有相似的趋势。通过蛋白-蛋白相互作用网络分析、基因本体论(GO)分析、KEGG分析，获得了斑马鱼大脑二型性中差异表达的mRNA的生物学意义。最后通过Pearson相关性分析构建mRNA与lncRNA的共表达网络。

我们发现12个新的lncRNA在斑马鱼大脑中具有显著的性别特异性，这一发现可能为进一步研究雄性和雌性斑马鱼大脑的功能差异提供帮助。

中文题目：在结直肠癌中，Hes1与lncRNAs相关

英文题目：Hes1 is associated with long non-coding RNAs in colorectal cancer

期刊：Annals of Translational Medicine  发表时间：2019 Sep IF：3.689

DOI: 10.21037/atm.2019.08.11.

单位：Laboratory of Digestive Disease and Oncology, The First Affiliated Hospital of Jinan University

摘要：lncRNA在结直肠癌(CRC)的发生发展和病理生理过程中起重要作用。我们之前的研究表明，在CRC中，Hes1参与了肿瘤干细胞样细胞的自我更新和致肿瘤性。

使用ArrayStar Human lncRNA/mRNA表达芯片3.0版本检测CRC组织中lncRNA的表达，并和与之匹配的非肿瘤组织进行比较。采用RNA结合蛋白免疫共沉淀和测序的方法( RIP-seq) 来检测lncRNAs与Hes1的结合。Real-time qPCR检测CRC组织中特异lncRNA的表达。

与非肿瘤组织相比，我们发现CRC组织中lncRNA表达明显上调或下调。我们还在CRC细胞中筛选了大量与Hes1相互作用的lncRNA。有趣的是，我们在组织芯片发现，CRC组织中一些与Hes1结合的lncRNAs(如GNAS-AS1、RP11-89K10.1、RP11-465L10.10)表达量上调。之后，我们使用RIP-qPCR和RNA pull-down实验证实了Hes1直接与这些lncRNA相互作用。最后，使用real-time qPCR验证了这些lncRNA在32例CRC样本及邻近非肿瘤组织中的表达。基于此，我们推测Hes1与一个或多个lncrna相互作用，促进CRC的发生和发展。

中文题目：对差异表达的lncRNAs和mRNA的转录分析揭示了肾移植后潜在的分子机制

英文题目：Transcriptional dissection of differentially expressed long non-coding RNAs and messenger RNAs reveals the potential molecular mechanism after kidney transplantation

期刊：Annals of Translational Medicine  发表时间：2019 Sep IF:3.689

DOI：doi: 10.21037/atm.2019.08.60

单位：Department of Urology, Jiangsu Provincial Hospital, First Affiliated Hospital of Nanjing Medical University

摘要：尽管相关的遗传机制尚不清楚，但肾移植已使得患者获益。本研究旨在了解肾移植应用免疫抑制药物后，基因表达和遗传途径的变化。

对肾移植患者血液样本RNA-seq获得的转录组数据，重新注释为更完整的人类基因组(GRCh38/hg38)。我们比较了移植前和移植后1周、3个月和6个月的差异表达基因(DEGs)，研究了DEGs的时间变化规律，构建了lncRNA- mRNA网络。

结果发现，与移植前相比，在肾移植后1周，1766个基因和3530个基因表达量分别上调和下调，DEGs的数量也随时间下降。将这些DEGs分成16个簇，通过DEGs的平均表达量建立时间变化表达。通路分析显示免疫反应减弱，核糖体相关蛋白表达减少。

lncRNA-mRNA网络在138个lncRNA和170个mRNA之间有235个连接。本研究建立了一个基于时间变化的基因图谱，发现了参与分子调控的lncRNA-mRNA显著改变，提示了肾移植潜在的基因机制和免疫抑制药物的作用。

中文题目：转录组分析表明，lncRNAs参与了棉花细胞质雄性不育和育性恢复

英文题目：Transcriptome Analysis Implicates Involvement of Long Noncoding RNAs in Cytoplasmic Male Sterility and Fertility Restoration in Cotton

期刊：Int J Mol Sci 发表时间：2019 Nov 6  IF:4.183

DOI：doi: 10.3390/ijms20225530.

单位：State Key Laboratory of Cotton Biology, Institute of Cotton Research of Chinese Academy of Agricultural Science

摘要：细胞质雄性不育(CMS) /恢复系是利用杂种优势进行商业性杂交制种的重要工具。lncRNAs在植物发育中的重要性已被公认，但在杂交三系棉花花药发育过程中(CMS-D2系A、保持系B、育性恢复系R)，lncRNAs的分析报道较少。在此，我们在三系杂交棉花的花药发育阶段进行了转录组测序。共鉴定出80695个lncRNA，其中A- B和A- R品种差异表达的lncRNA分别有43347和44739个。这些lncRNA表现出参与CMS和生育恢复的功能候选。GO分析表明细胞激素代谢过程和氧化-还原反应过程可能参与CMS，细胞成分形态发生和小分子生物合成过程可能参与育性恢复。此外，63个lncRNAs被认为是35个miRNAs的前体，并且qRT-PCR与RNA-seq的表达模式相似。此外，lncRNA调控网络的构建表明，多个miRNA-lncRNA-mRNA网络可能参与了CMS和育性恢复。我们的研究结果为花药发育过程中的lncRNA提供了系统鉴定，并为其在杂交棉花育种中的调控机制和应用奠定了坚实的基础。