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单细胞转录组文献摘要

RNA专题


中文题目:Nfil3-Zeb2-Id2代谢通路1型树突状细胞发育过程中强加了Irf8增强子的转换

英文题目:An Nfil3-Zeb2-Id2 pathway imposes Irf8 enhancer switching during cDC1 development

 

  名:Nature Immunology      发表时间:201909     IF:23.53

DOI:10.1038/s41590-019-0449-3

作者单位Washington University in St. Louis, School of Medicine

 

中文摘要

经典的1型树突状细胞(cDC1s)是抗病毒和抗肿瘤免疫所必需的,因此我们需要了解它们的发展过程。cDC1祖细胞的发育需要E蛋白依赖的增强子,其位于转录因子 Irf8 转录起始位点下游的41 kb,但其成熟反而需要Batf3依赖的Irf8下游32kb处的增强子。为了理解这种转变,作者对共同的树突状细胞祖细胞(CDP)进行了单细胞RNA测序,并鉴定了表达影响cDC1发育的转录因子的细胞簇,例如Nfil3、Id2和Zeb2。这些因子中的遗传上位性揭示了从Zeb2hi和Id2lo CDPs到Zeb2lo和Id2hiCDPs的转变需要Nfil3表达,这两种CDPs代表最早定型的cDC1祖细胞。这个遗传回路阻断E蛋白的活性以遏制浆细胞样树突状细胞的分化潜能,并解释了cDC1发展过程中Irf8增强子使用的转变。

 

中文题目:人淋巴管单细胞研究揭示了内皮细胞的显著异质性和中性粒细胞归巢的机制

英文题目:Single-Cell Survey of Human Lymphatics Unveils Marked Endothelial Cell Heterogeneity and Mechanisms of Homing for Neutrophils

 

  名:Immunity      发表时间:201909     IF:21.522

DOI:10.1016/j.immuni.2019.06.027

作者单位MediCity Research Laboratory and Institute of Biomedicine

 

中文摘要

淋巴管是调节人类健康和疾病的重要组成部分。虽然它们的功能意义日益被认可,但淋巴管的综合异质性仍未得到表征。本研究通过单细胞RNA测序对人类淋巴结(LNs)中33,000个淋巴管内皮细胞(LECs)进行分析。无偏差聚类揭示了人类LEC的六种主要类型。LNS包膜下窦(SCS)的LECs大量表达中性粒细胞趋化因子,而髓窦(MS)的LECs表达C型凝集素CD209。碳水化合物Lewis X(CD15)与CD209介导的中性粒细胞的结合体与MS发生结合。MS LECs的中性粒细胞的选择性归巢可以将中性粒细胞保留在LN髓质中,并允许清除淋巴传播的病原体,防止它们通过人类的LN进行传播。该研究结果提供了LEC异质性的全面表征,并揭示了髓样LECs在人类免疫中的先前未定义的作用。

 

中文题目:由20个小鼠器官组成的单细胞转录组创造了一个Tabula Muris数据库

英文题目:Single-cell transcriptomics of 20 mouse organs creates a Tabula Muris

 

  名:Nature      发表时间:201810     IF:43.07

DOI:10.1038/s41586-018-0590-4

作者单位National Center for Biotechnology Information, U.S.

 

中文摘要

研究对来自小鼠20个器官和组织的约10万个单细胞进行测序分析,结果揭示了完整的基因表达图谱,并且能直接比较不同组织和细胞类型的基因表达,最终建立了一个名为Tabula Muris的储存小鼠细胞细信息的开源数据库。研究运用了两种单细胞技术:一种方法是基于微流体液滴的10x Genomics单细胞转录组,能够在相对低的覆盖率下检测数千个细胞;另一种是基于FACS分选的单细胞全长转录组分析,能够在高覆盖范围内检测单个细胞。

 

中文题目:发育中的小鼠小脑单细胞转录图谱

英文题目:A Single-Cell Transcriptional Atlas of the Developing Murine Cerebellum

 

  名:Current Biology      发表时间:201809     IF:9.193

DOI:10.1016/j.cub.2018.07.062

作者单位Department of Oncology, St. Jude Children\'s Research Hospital

 

中文摘要

研究得到了来自十二个关键发育时间点的小鼠小脑单细胞图谱,鉴定了主要的小脑细胞亚群,确定了有助于小脑发育的亚群(包括顶板细胞、胶质细胞和脑膜)。利用已知的谱系标记进行验证,表明单细胞数据能准确概括小脑的发育。利用拟时分析,确定了调控谷氨酸能细胞分化命运的关键转录因子。最后,创建了名为Cell Seek的数据集,为未来小脑发育、神经生物学和疾病研究提供宝贵资源。

 

中文题目:单细胞转录分析揭示斑马鱼体内ILC样细胞

英文题目:Single-cell transcriptional analysis reveals ILC-like cells in zebrafish

 

  名:Science Immunology      发表时间:201811     IF:10.551

DOI:10.1126/sciimmunol.aau5265

作者单位Macrophages et Développement de l\'Immunité

 

中文摘要

先天性淋巴细胞(ILCs)是哺乳动物免疫应答和体内平衡的重要介质。然而,在其他脊椎动物中ILCs的存在和功能却知之甚少。研究利用单细胞转录组测序获得了组织稳态期间和免疫攻击后斑马鱼淋巴细胞的综合图谱,从野生型斑马鱼的肠道以及rag1突变(缺少T和B细胞)的斑马鱼中共收集14080个单细胞,发现了ILC样细胞。进一步分析发现了一个rorc阳性的ILC亚群,可以表达与1型、2型和3型免疫应答相关的细胞因子。研究还确定了斑马鱼其他新的ILC标记分子。

Hello ATCG 2019-11-15 11:42:05

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